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國際碳交易市場對碳配額的分配方法主要有歷史法、基準法和拍賣法，由于中國碳排放權交易市場還在探索學習的階段，七個試點大多采用了歷史法計算配額數量，同時對于絕大多數配額進行免費發放。除了電力和供暖領域，基準法尚未大規模使用，但是越來越多的試點開始嘗試通過拍賣的手段為控排企業提供有償配額。

目前，不包括重慶試點在內的其他六個碳排放權交易試點已分配了10 億多噸二氧化碳排放配額，大多企業對于分配制度大體滿意。但是也有不少學者認為需要改進目前的配額計算過程和分配方式，最重要的是增加整個過程的透明度。由于碳排放配額不僅僅是一個數字，更是關系到企業生產成本和經營利潤的重要資產，碳配額計算和分配的準確性、公允性、透明性，可以提升系統的公信力，并使得政策制定者和交易主體間的信息流動更加暢通，促進各相關行業準確理解規則，并貢獻行業知識。
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